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Un pisano del XIV Sec. ci narra quel che successe in Pisa nel 1348 durante una delle più funeste epidemie di peste che sconvolse l ' Europa medievale:

E nel ditto anno milletrecentoquarantotto venne una novella a Pisa come in Cicilia e a Napoli si era incominciata una gran mortalità di gente, e dopo in Genova. E all'entrata di gennaio vennero in Pisa due galere delli Genovesi che venivano di Romania; e come funno giunte alla piazza delli Pesci, chiunque favellava con loro subitamente tornava a casa malato e in pochi dì morto; e chiunque favellava al malato o toccassi di quelli morti, altresì tosto amalava e morto era in pochi dì. E fu sì sparta la gran corruzione,che quasi ogni persona morìa. E fu sì grande la paura che uno non voleva veder l'altro: lo padre non voleva veder lo figliuolo morire, né il figliuolo lo padre, né l'uno fratello l'altro, né la donna lo marito; e ogni persona fuggiva la morte, e poco gli valea, ché chiunque dovea morire si morìa, e non si trovava persona che lo volesse portare a fossa\ né sotterrare.
Ma quello Signore che fece lo cielo e la terra, providde bene ogni cosa: ché lo padre, vedendo morire lo suo figliuolo, e morto e abbandonato da ogni persoona, ché niuno lo volea toccare né curare né portare, facea elli stesso lo meglio che potea. Elli lo cucìa2 e poi con aiuto d'altri lo portava alla fossa, elli stesso lo sotterrava; e poi l'altro giorno, elli e chi l'avea toccato, si era morto. Ma ben ti dico che fu proveduto di dare aiuto l'uno all'altro; ché tutto che ciascuno morì a chiunche toccassi lui o di sue cose, in denari o in panni, nondimeno, non ne rimase niuno morto in nessuna casa che non fusse sotterrato onoratamente, secondo la qualità sua. Tanta carità diè Iddio, che usando l'uno con l'altro, accuusandosi morto, e' diceano: «Aiutiàmli a portare a fossa, acciocché siamo portati anco noi", chi per amore e chi per denari. E la persona il più stava malata due o tre dì, insino in quattro, ma pochi: e la maggior parte morìano in più brevi dì. E insomma, la ditta pestilenza e morìa incominciò sì forte nella città a crescere e a spargere, che la sera si coricava, la persona, e la mattina si trovava morta. Chi morìa d'anguinaia, chi d'uno infiato che apparìa al ditello; e ad alcuno apparia alla coscia un infiato, si chiamava «tincone,,; e chi sputava sangue e altri sozzi mali. E favellando morìano le genti, o la maggior parte, e, morti che erano, escìalisopr la persona a modo de' torsuli, larghi, neri come un fiorino, e chiàmansi «faoni», ed erano, a veder morti, delle laide cose del mondo. Di mille l'uno, a chi apparia nessuno di questi infiati, o a chi apparia di quelli faoni: non ne campava nullo. Né medico si trovava che vi volessi andare a curarlo per paura di sé. E venne in tanto Pisa che li fondachi e le botteghe non si aprìano, se non le botteghe delli spezziali. Alcuni cittadini fuggìano della città e andavano per lo contado, e poi ritornavano, perocché la sparse per lo contado a simil modo. Non valea niente lo fuggire. E altro non si facea in Pisa se non di sotterrar morti; e non era dì nessuno che in Pisa non si sotterrassino, tra grandi e piccioli, quando dugento e quando trecento e quattrocento e cinquecento per dì. E ebbe Pisa più case di quindici o più in famiglia, che non ne rimase nullo, ché tutti morìnno. E durò questa pestilenzia da mezzo gennaio fino al settembre, che, poi che la fu restaata, si trovònno morti più di settanta per centinaio di tutte le persone che erano in Pisa. E chi dice delli diece ne morì nove; e così fue per lo contado di Pisa e per tutta Cristianità e per le terre de' Saracini; e in terre murate e non murate, benché maggior pestilenza fosse in un luogo più che in un altro.

(Da Cronaca di Pisa di Anonimo, in Rerum Italicarum Scriptores di L.A. Muratori.

Una delle più disastrose epidemie di peste, arrivò a Pisa nel settembre del 1630, portata da una procaccia di ritorno da Firenze. A seguito delle precise disposizioni impartite dal magistrato della sanità la città venne ripartita in sestieri, ognuno con un deputato che doveva sorvegliare l'andamento dell'epidemia, provvedere al trasporto degli ammalati e alla sepoltura dei morti. Per questo vennero istituiti due lazzaretti: uno presso la badia San Savino e l'altro presso la chiesa di San Michele degli scalzi; i morti venivano sepolti in San Lorenzo vecchio. La città fù chiusa: veniva consentito l'ingresso solo a chi era munito di un apposito certificato di sanità. Si giunse fino ad imporre il coprifuoco, mentre ben presto alla peste si aggiunse la fame. Con tutto ciò, in Pisa si registrarono fino a 2025 decessi al giorno e dal settembre del 1630 fino all'aprile del 1633 morirono circa 6000 persone (è quasi la metà degli a abitanti di allora).Nel medioevo erano frequenti le epidemie, c'era chi usava i cadaveri come arma per infettare il nemico, anche se non si conoscevano assolutamente le cause.Fu memorabile l'epidemia di metà IVX sec. spazzò l'intera Europa mietendo milioni di vittime e riducendo drasticamente le popolazioni delle città e conseguentemente gli equilibri delle vicende bellicose che insanguinarono quel secolo di lotte fratricide.San Nicola salva Pisa dalla peste , è il dipinto che raffigura il santo che devia la traiettoria delle frecce della pestilenza dalla città, esemplare unico di notevole importanza per la città in quanto è la più antica raffigurazione fedele che immortala Pisa nel 300.